پدر بزرگوارش امام هفتم شيعيان حضرت موسى بن جعفر (علیهما السلام) و مادر مكرمه اش حضرت نجمه خاتون (سلام الله علیها) است . آن بانو مادر امام هشتم نيز هست . لذا حضرت معصومه (سلام الله علیها) با حضرت رضا (علیه السلام) از يك مادر هستند. ولادت آن حضرت در روز اول ذيقعده سال ١٧٣ هجرى قمرى در مدينه منوره واقع شده است. ديرى نپاييد كه در همان سنين كودكى مواجه با مصيبت شهادت پدر گرامى خود در حبس هارون در شهر بغداد شد. لذا از آن پس تحت مراقبت و تربيت برادر بزرگوارش حضرت على بن موسى الرضا (علیهما السلام) قرارگرفت.

در سال ٢٠٠ هجرى قمرى در پى اصرار و تهديد مأمون عباسى سفر تبعيد گونه حضرت رضا (علیه السلام) به مرو انجام شد و آن حضرت بدون اين كه كسى از بستگان و اهل بيت خود را همراه ببرند راهى خراسان شدند. يك سال بعد از هجرت برادر، حضرت معصومه (سلام الله علیها) به شوق ديدار برادر و اداي رسالت زينبي و پيام ولايت به همراه عده اى از برادران و برادرزادگان به طرف خراسان حركت كرد و در هر شهر و محلى مورد استقبال مردم واقع مى شد. اين جا بود كه آن حضرت نيز همچون عمه بزرگوارشان حضرت زينب(سلام الله علیها) پيام مظلوميت و غربت برادر گراميشان را به مردم مؤمن و مسلمان مى رساندند و مخالفت خود و اهلبيت (علیهم السلام) را با حكومت حيله گر بنى عباس اظهار مى كرد.
بدين جهت تا كاروان حضرت به شهر ساوه رسيد عده اى از مخالفان اهلبيت كه از پشتيبانى مأموران حكومت برخوردار بودند،سر راه را گرفتند و با همراهان حضرت وارد جنگ شدند، در نتيجه تقريباً همه مردان كاروان به شهادت رسيدند، حتى بنابر نقلى حضرت معصومه (سلام الله علیها) را نيز مسموم كردند.
به هر حال ، يا بر اثر اندوه و غم زياد از اين ماتم و يا بر اثر مسموميت از زهر جفا، حضرت فاطمه معصومه (سلام الله علیها)بيمار شدند و چون ديگر امكان ادامه راه به طرف خراسان نبود قصد شهر قم را نمود. پرسيد: از اين شهر«ساوه» تا «قم» چند فرسنگ است؟ آن چه بود جواب دادند، فرمود: مرا به شهر قم ببريد، زيرا از پدرم شنيدم كه مى فرمود: شهر قم مركز شيعيان ما است.بزرگان شهر قم وقتى از اين خبر مسرت بخش مطلع شدند به استقبال آن حضرت شتافتند; و در حالى كه «موسى بن خزرج» بزرگ خاندان «اشعرى» زمام ناقه آن حضرت را به دوش مى كشيد و عده فراوانى از مردم پياده و سواره گرداگرد كجاوه حضرت در حركت بودند، حدوداً در روز ٢٣ ربيع الاول سال ٢٠١ هجرى قمرى حضرت وارد شهر مقدس قم شدند.
سپس در محلى كه امروز «ميدان مير» ناميده مى شود شتر آن حضرت در جلو در منزل «موسى بن خزرج» زانو زد و افتخار ميزبانى حضرت نصيب او شد.
آن بزرگوار به مدت ١٧ روز در اين شهر زندگى كرد و در اين مدت مشغول عبادت و راز و نياز با پروردگار متعال بود. محل عبادت آن حضرت در مدرسه ستيه به نام «بيت النور» هم اكنون محل زيارت ارادتمندان آن حضرت است. سرانجام در روز دهم ربيع الثانى و «بنا بر قولى دوازدهم ربع الثانى» سال ٢٠١ هجرى پيش از آن كه ديدگان مباركش به ديدار برادر روشن شود، در ديار غربت و با اندوه فراوان ديده از جهان فروبست و شيعيان را در ماتم خود به سوگ نشاند.مردم قم با تجليل فراوان پيكر پاكش را به سوى محل فعلى كه در آن روز بيرون شهر و به نام «باغ بابلان» معروف بود تشييع نمودند. همين كه قبر مهيا شد دراين كه چه كسى بدن مطهر آن حضرت را داخل قبر قرار دهد دچار مشكل شدند، كه ناگاه دو تن سواره كه نقاب به صورت داشتند از جانب قبله پيدا شدند و به سرعت نزديك آمدند و پس از خواندن نماز يكى از آن دو وارد قبر شد و ديگرى جسد پاك و مطهر آن حضرت را برداشت و به دست او داد تا در دل خاك نهان سازد.
آن دو نفر پس از پايان مراسم بدون آن كه با كسى سخن بگويند بر اسب هاى خود سوار و از محل دور شدند.بنا به گفته بعضي از علما به نظر مى رسد كه آن دو بزرگوار، دو حجت پروردگار: حضرت رضا (علیه السلام) و امام جواد (علیه السلام) باشند چرا كه معمولاً مراسم دفن بزرگان دين با حضور اوليا الهي انجام شده است.پس از دفن حضرت معصومه(سلام الله علیها) موسى بن خزرج سايبانى از بوريا بر فراز قبر شريفش قرار داد تا اين كه حضرت زينب فرزند امام جواد(علیه السلام) به سال ٢٥٦ هجرى قمرى اولين گنبد را بر فراز قبر شريف عمه بزرگوارش بنا كرد و بدين سان تربت پاك آن بانوى بزرگوار اسلام قبله گاه قلوب ارادتمندان به اهلبيت (علیهم السلام). و دارالشفاي دلسوختگان عاشق ولايت وامامت شد.
در بعد مقام حضرت معصومه بدون ترديد بعد از حضرت رضا (علیه السلام) در ميان فرزندان امام کاظم (علیه السلام)، حضرت معصومه (سلام الله علیها) از نظر علمي و اخلاقي، والامقام ترين آنان است و اين حقيقت از اسامي، لقب ها، تعريف ها و توصيفاتي که ائمه اطهار (علیهم السلام) از ايشان نموده اند، آشکار است و اين حقيقت روشن مي سازد که ايشان نيز چون حضرت زينب (سلام الله علیها) «عالمه غير معلمه» بوده است.